Orły złote to drapieżniki szczytowi – dorośli nie mają naturalnych wrogów. Jednak jaja i pisklęta są narażone. Inne ptaki: kruki, sowy, jastrzębie, a nawet inne orły mogą polować na jaja lub młode.
Niektórzy ssaki – niedźwiedzie, wilki, pumy – mogą potrafić złapać pisklę lub rannego dorosłego orła. Mimo dominacji w łańcuchu pokarmowym, orły muszą pilnować gniazd, by zapewnić przetrwanie potomstwa.