Jednak od czasu czasu Whittakera postęp w biologii molekularnej i genetyki doprowadziły do głębszego zrozumienia relacji ewolucyjnych między organizmami. W rezultacie niektórzy biolodzy twierdzą, że system pięciokierunkowy jest zbyt uproszczony i nie odzwierciedla dokładnie różnorodności i złożoności życia na Ziemi.
Jedną z głównych krytyków systemu pięciokierunkowego jest to, że opiera się przede wszystkim na cechach morfologicznych i ekologicznych, a nie na relacjach ewolucyjnych. Może to prowadzić do sztucznych grup organizmów, które nie są ściśle powiązane. Na przykład królestwo Protista jest kategorią połowową, która obejmuje wiele różnych organizmów, które nie mają wspólnego przodka.
Kolejną krytyką systemu pięciokierunkowego jest to, że jest on zbyt sztywny. Nie pozwala na łatwe zakwaterowanie nowych odkryć i nie odzwierciedla dynamicznej natury relacji ewolucyjnych.
Jako alternatywa dla systemu pięciokierunkowego, niektórzy biolodzy proponują stosowanie bardziej elastycznego systemu klasyfikacji opartego na relacjach ewolucyjnych. Takie podejście, znane jako systematyka filogenetyczna, wykorzystuje dane molekularne do konstruowania drzew filogenetycznych, które pokazują relacje ewolucyjne między organizmami. Drzewa filogenetyczne mogą być stosowane do identyfikacji grup monofilowych, które są grupami obejmującymi wspólnego przodka i wszystkich jego potomków.
Zastosowanie systematyki filogenetycznej doprowadziło do rozpoznania nowych grup organizmów i zmienionego zrozumienia relacji ewolucyjnych między żywych organizmami. Na przykład odkrycie Archaea, grupy organizmów jednokomórkowych, które różnią się zarówno od bakterii, jak i eukariotów, doprowadziło do propozycji systemu klasyfikacji sześciokierdzkiej.
Podsumowując, niektórzy biolodzy twierdzą, że koncepcja pięciu królestw jest przestarzała i że bardziej złożone systemy klasyfikacji są niezbędne, aby lepiej zrozumieć różnorodność i ewolucję życia.