System pięciu królestw, upowszechniony przez Roberta Whittakera w latach 60., klasyfikował życie na Monerę, Protistów, Grzyby, Rośliny i Zwierzęta. Jednak postępy biologii molekularnej sprawiły, że niektórzy biologowie uważają ten system za nadmiernie uproszczony.
Krytyka dotyczy poświęcenia morfologii zamiast relacji ewolucyjnych, sztucznego grupowania (np. Protistów) i sztywności w przyjmowaniu nowych odkryć. Alternatywy jak systematyka filogenetyczna używają danych molekularnych do budowania drzew ewolucyjnych i identyfikacji grup monofiletycznych. Odkrycie Archeobacterii doprowadziło do propozycji systemu sześciu królestw.
Wielu biologistów dziś faworyzuje bardziej złożone, oparte na ewolucji systemy klasyfikacji, by lepiej oddawać różnorodność życia.