Rys kanadyjski, jak wszystkie ssaki, oddycha za pomocą płuć.
Powietrze wdychane jest przez nosowe otwory i przemieszcza się karkiem, który rozgałęzia się na oskrzela prowadzące do płuc. Oskrzela dzieli się na mniejsze drożnice kończące się pęcherzykami płucnymi, gdzie zachodzi wymiana gazowa. Tlen dyfunduje się do naczyńków, a dwutlenek węgla wędruje do pęcherzyków, by zostać wydalonym.
Ten proces dostarcza tlen do komórek i usuwa dwutlenek węgla powstały w metabolizmie.