Genotyp owczarka niemieckiego się różni. Typowe przykłady to:
- EE Bb Dd (czarne futro, brązowy nos, dominująca plama)
- Ee Bb Dd (czarne futro, brązowy nos, recesywny allel plamy)
- ee bb Dd (wąsowe futro, brązowy nos, dominująca plama)
- ee bb dd (wąsowe futro, czarny nos, recesywny allel plamy)
Te kombinacje wpływają na kolor futra i znaki, choć możliwe jest wiele innych genotypów.