Anatomia nietoperza obejmuje: trybik, dziury nozdrzowe, podbródek, fiłtrum, wargi, zęby, język i różne struktury jamy ustnej: podniebienie i zawiastek. Dolna szczęka to żuchwa.
Nietoperze mają duże uszy z muszkiem, trądzikiem i przeciwtrądzikiem. Ich skrzydła tworzy płetwa lotna i zawierają: przedramię, ramię, promień, łokieć, nadgarstek, śródmieście, palce i kostki palcowe. Nogi i stopy: piętka, kostka, śródstopie, kości palcowe. Niektóre nietoperze mają też ogon z kręgów.