Istnieją dwa główne typy mikroskopów biologicznych:mikroskopy złożone i mikroskopy sekcyjne. Mikroskopy złożone wykorzystują dwie soczewki, soczewkę obiektywu i soczewkę okularu, do powiększania obrazu obiektu. Soczewka obiektywu znajduje się w dolnej części mikroskopu i skupia światło na preparacie. Soczewka okularu znajduje się w górnej części mikroskopu i powiększa obraz wytwarzany przez soczewkę obiektywu. Mikroskopy sekcyjne mają tylko jedną soczewkę, soczewkę obiektywową, i służą do oglądania większych próbek, które nie wymagają tak dużego powiększenia.
Mikroskopy biologiczne można wyposażyć w różnorodne akcesoria, takie jak źródła światła, filtry i stoliki. Źródła światła zapewniają oświetlenie próbki. Za pomocą filtrów można zmienić kolor lub intensywność światła. Stopnie służą do utrzymywania próbki na miejscu.
Mikroskopy biologiczne są niezbędnymi narzędziami do badania mikroskopijnego świata. Umożliwiają badaczom szczegółową obserwację i analizę komórek, tkanek i mikroorganizmów.