Foki szare mają kilku naturalnych wrogów, ale najbardziej istotnym jest człowiek.
Drapieżnicy naturalni
- Rekiny białe: Zagrożenie w rejonach zasięgów, głównie dla młodych fok.
- Orki (wieloryby mordercze): Polują na foki, ale rzadko zagrażają dorosłym fokom szarym.
- Niedźwiedzie polarne: W Arktyce mogą zagrażać fokom szarym.
Wpływ człowieka
- Załączanie w sieci rybackie: Prowadzi do ran lub śmierci.
- Utrata siedlisk i zakłócenia: Rozwój wybrzeży niszczy kolonie legowe i pola łowowe.
- Polowanie i braconierstwo: Historycznie zmniejszyło populacje w niektórych rejonach.
Inne czynniki: choroby, zmiany klimatu. Ogólnie: choć foki mają naturalnych drapieżników, największe zagrożenia pochodzą od człowieka.