Ondatry mają kilku naturalnych wrogów:
- Kojoty: Polują na ondatry i zabijają je po jedzeniu.
- Lisy: Inny drapieżnik atakujący ondatry.
- Sowy: Nocne drapieżniki polujące na ondatry w nocy.
- Węże: Gatunki takie jak moccasiny wodne mogą polować na ondatry.
- Aligatory: Występujące w tych samych siedliskach, polują na ondatry.
- Ludzie: Polują na ondatry ze względu na futro i mięso.