Oto dlaczego:
* Podobieństwa morfologiczne: Choanoflagelaty mają uderzające podobieństwa z ogniwami kołnierzy (choanocyty) występującymi u gąbek, najprostszych zwierząt. Oba mają pojedynczą flagel otoczoną kołnierzem mikrowlich, które są używane do filtrowania żywności z wody.
* Dowody genetyczne: Analiza molekularna, szczególnie genów rybosomalnych RNA, silnie potwierdza bliski związek ewolucyjny między choanoflagellatami i zwierzętami. Dzielą się unikalnym zestawem genów, których nie znaleziono u innych protistów.
* Potencjalny przodek: Powszechnie uważa się, że przodek podobny do Choanoflagellat dał zwierzętom.
Podczas gdy inni protiści, tacy jak ameBozoanie, sugerowano, że w przeszłości są ściśle powiązane ze zwierzętami, dowody w przeważającej mierze wskazują na choanoflagellates jako najbliższych żyjących krewnych.