14 gatunków nietoperzy jest rodzimych w Missuri, w tym 2 zagrożone. Wszystkie jadają owady i pochłaniają ogromne ilości szkodników – kluczowa rola w kontroli nocnej populacji owadów.
Nietoperze brązowe
Mały nietoperz brązowy (Myotis lucifugus) i duży nietoperz brązowy (Eptesicus fuscus) – najczęściej spotykane u domu, bo kładą gniazda w budynkach. Inne gatunki wolą jaskinie lub drzewa. Oba brązowe, skrzydła nieco ciemniejsze. Mały: 4,5–5,5 cala ciała. Duży: 5,5–8 cali.
Nietoperze zagrożone
Trzy gatunki na liście ESA: indyjski, ozarkowski wielkouszy, szary. Szare nietoperze (Myotis grisescens) żyją w jaskiniach cały rok. Indyjski (Myotis sodalis) latem na wschodzie USA, zimą ogromne stada w kilku jaskiniach. Ozarkowski wielkouszy – ogromne uszy. Może już nie występuje w Missuri. Wszystkie zagrożone degradacją jaskiń przez zwiedzających, górników itp.
Nietoperze wędrowne
Niektóre gatunki tylko częściowo w Missuri. Nietoperz wieczorny (Nycticeius humeralis) – mały, rudobrązowy, bywa w budynkach, większość roku w Missuri, zima gdzie indziej (miejsce zimowienia nieznane). Nietoperz siwy (Lasiurus cinereus) – największy w Missuri, zima w Meksyku, Ameryce Południowej, południowej Kalifornii. Nietoperz czerwony (Lasiurus borealis) – kolory od jaskrawych czerwieni do ciemniejszych ceglastych, zimą wędruje, część zostaje w południowej Missuri.
Inne nietoperze
Rzadki średni nietoperz długouszy północny (Myotis septentrionalis) i nietoperz pisklaki wschodni (Pipistrellus subflavus) – najmniejszy na wschodzie. Nietoperz srebrzystowłosy (Lasionycteris noctivagans) – czarny z srebrzystymi końcówkami włosów. Nietoperz małonogi (Myotis leibii) – brązowy z czarną maską. Nietoperze wielkousze Rafinesque'a – pokrewne ozarkowskie, gatunek zagrożony. Nietoperz brazylijski ogonowaty (Tadarida brasiliensis) też występuje.