Tapiry mają kilku drapieżników, w zależności od regionu i wieku:
- Jaguary: Najczęstszy drapieżnik dorosłych tapirów, zwłaszcza w Ameryce Południowej.
- Pumy: Również zdolne do zranienia dorosłego tapira, częstsze w Ameryce Środkowej i południowo-zachodnich USA.
- Kajmany: Zagrożenie w zatocznych rzekach, zwłaszcza dla młodych tapirów.
- Anakondy: Mogą zadusić tapira, choć zdarza się to rzadko.
- Inni drapieżnicy: Duże psowate (wilki, psy dziki) w niektórych regionach.
Tapiry są uciekinierami i potrafią się bronić mocnymi nogami i kopnięciami. Młode są najbardziej wrażliwe. Człowiek jest również istotnym zagrożeniem przez utratę siedlisk i polowanie.