Niemcy, mimo gęstej zaludnienia, są domem dla kilku rzadkich gatunków:
Ssaki
* Żubr europejski: Reintrodukowany w Parku Narodowym Eifel.
* Wilk szary: Wraca na wschód Niemiec, zwłaszcza Łużyce.
* Ryś: Odbudowuje populacje w Alpach Bawarskich i terenach leśnych.
* Bóbr: Rekolonizuje rzeki, np. Ren.
* Dzik kot: W Lasie Bawarskim i Jurze Szwabskim.
Ptaki
* Orzeł białooki: Odbudowuje populację nad Bałtykiem.
* Bocian czarny: W nienaruszonych lasach i na torfowiskach.
* Orzeł złoty: Rzadki, w Alpach Bawarskich i Górach Harz.
* Orzeł morski: Nad wybrzeżami.
* Głuszec: W Alpach Bawarskich i Górach Harz.
Gady i płazy
* Żółw błotnisty europejski: W odizolowanych jeziorach i stawach.
* Salamandra plamista: Powszechna w wilgotnych lasach.
* Wąż gładki: Na łąkach i polanach.
Ryby
* Huczen: Duży pstrąg dunajski.
* Węgorz europejski: Krytycznie zagrożony, wędruje do Morza Sargassowego by laić.
Owady
* Motyl żółto-czarny (scarce swallowtail): Ograniczony do specyficznych siedlisk.
* Rożnica plamista: Gatunek chroniony.
Inne
* Żywica wielka (giant freshwater mussel): W rzekach i strumieniach.
Niemcy mają parki narodowe, obszary chronione i programy reintrodukcji pomagające odbudowie tych gatunków.