Indyjskie nietoperze owocowe mają naturalnych drapieżników: ptaki drapieżne, węże i ssaki jak ryje i ciwety.
Zagrożenia ludzkie – utrata siedlisk, polowanie, choroby – są równie poważne. Nietoperze bronią się lotem, grupowym noclegiem, czujnością i głośnymi wezwaniami ostrzegawczymi.