Brąchiopody nie są blisko spokrewnione z żadnymi współczesnymi zwierzętami. Stanowią one odrębny typ bezkręgowców morskich. Ich najbliższymi krewniakami są foronidy i mchy zwierzęce (briozoany), które dzielą pewne cechy morfologiczne i ewolucyjne, ale pozostają odrębnymi grupami taksonomicznymi.