Główną przyczyną obecnych wyginiec zwierząt jest niszczenie siedlisk. Może to wynikać z wycinki lasów, urbanizacji i zmian klimatu. Gdy siedlisko zwierzęcia zostaje zniszczone, traci ono dostęp do pożywienia i schronienia i staje się bardziej wrażliwe na drapieżników.
Niszczenie siedlisk to główne zagrożenie dla bioróżnorodności i szacuje się, że odpowiada za wyginiecie ponad 90% gatunków zwierząt w zeszłym stuleciu.