Hypohippus prawdopodobnie wymarł z powodu konkurencji i zmiany klimatu. Nowsze roślinożercy, takie jak jeleń i antylopy, lepiej przystosowały się do powstających łąk, wygrywając z Hypohippusem o pożywienie. Gdy lasy ustępowały miejsca otwartym łąkom, zęby i kopyta Hypohippusa przystosowane do lasu stały się mniej przydatne, co przyczyniło się do jego upadku.