Antarktyda ma stosunkowo mało gatunków ze względu na skrajne warunki, a niewielu jest krytycznie zagrożonych w skali globalnej. Jednak niektóre gatunki antyktyczne są wymienione jako wrażliwe lub bliskie zagrożeniu przez organizacje ochronne. Przykłady to pingwin cesarski (Near Threatened), wieloryb błękitny antyktyczny (Endangered) i nototenia Ross (Vulnerable). Zmiany klimatyczne, utrata lodu morskiego i nadmierne rybołówstwo to kluczowe zagrożenia. Dokładna liczba zależy od organizacji i przyjętych kryteriów.