Najważniejszym czynnikiem przyczyniającym się do zagrożenia meksykańskiego wilka jest utrata siedlisk. Wynika to głównie z nawrócenia naturalnych siedlisk na obszary rolnicze i miejskie. W rezultacie meksykańskie wilki straciły dostęp do swojej naturalnej bazy ofiar i odpowiednich miejsc denningu.
2. Polowanie i pułapkowanie
Historycznie meksykańskie wilki były polowane i uwięzione na futro i jako sposób kontroli drapieżnika. To masowe zabijanie wilków dodatkowo zmniejszyło ich populacje.
3. hybrydyzacja
Meksykańskie wilki są ściśle powiązane z kojotami, a między dwoma gatunkami krzyżowanie się między dwoma gatunkami. Hybrydyzacja może prowadzić do rozcieńczenia integralności genetycznej meksykańskiej wilka i utraty unikalnych adaptacji, które są niezbędne do przetrwania w ich naturalnym środowisku.