1. Utrata siedliska
Najważniejszym czynnikiem przyczyniającym się do zagrożenia wilka meksykańskiego jest utrata siedliska. Jest to w dużej mierze skutkiem przekształcania naturalnych siedlisk w obszary rolnicze i miejskie. W rezultacie wilki meksykańskie straciły dostęp do naturalnej bazy pożywienia i odpowiednich miejsc na legowiska.
2. Polowanie i łowienie
Historycznie wilki meksykańskie były polowane i łowione na futro oraz jako metoda kontroli populacji drapieżników. To bezselekcja zabijanie wilków dalsze zmniejszyło ich populacje.
3. Mieszanie genów (hibrydyzacja)
Wilki meksykańskie są blisko spokrewnione z kojotami, a międzygatunkowe krzyżowanie jest udokumentowane. Hibrydyzacja może prowadzić do rozcieńczenia integralności genetycznej wilka meksykańskiego i utraty unikalnych przystosowań niezbędnych do przetrwania w ich naturalnym środowisku.