Drapieżniki szczytowi
Kojoty to drapieżniki szczytowi i zazwyczaj nie mają wielu naturalnych wrogów.
Możliwe zagrożenia
Większe psowate, jak wilki, niedźwiedzie i pumy, mogą polować na kojoty, zwłaszcza młode lub osłabione osobniki. Ludzie są też znaczącym zagrożeniem przez polowanie, pułapki i niszczenie siedlisk. Choroby osłabiają kojoty i czynią je bardziej podatnymi.
Ogólnie kojoty są bezpieczne przed polowaniem dzięki swojej adaptacyjności, inteligencji i zachowaniu stadnemu.