Kojoty to oportunistyczne drapieżniki i necrofagi, ale sami stają się ofiarami większych zwierząt. Oto głównych drapieżników kojotów:
Większe drapieżniki ssaków
- Wilki: Główny naturalny wróg kojotów, zwłaszcza w obszarach, gdzie zasięgi się nakładają.
- Pumy (lwy górskie): Potężne drapieżniki polujące na kojoty, głównie w regionach górskich.
- Niedźwiedzie: Choć rzadziej, niedźwiedzie też polują na kojoty, tam gdzie ich populacje są liczne.
Inni drapieżnicy
- Rysy: Mniejsze od kojotów, ale potrafią zabić młode lub osłabione jednostki.
- Drapieżne ptaki: Orły, sowy i jastrzębie potrafią chwycić młode kojoty.
- Inne kojoty: Walka o terytorium i zasoby bywa śmiertelna – kojoty same się nawzajem zabijają.
Inne zagrożenia
- Działalność ludzka: Polowanie, pułapki i utrata siedlisk drastycznie wpływają na liczebność.
- Choroby i pasożyty: Osłabione jedynki łatwiej stają się ofiarami drapieżników.
Prawdopodobieństwo polowania przez konkretnego drapieżnika zależy od lokalizacji, dostępności ofiar i gęstości populacji drapieżnika.