Utrata bioróżnorodności: Zagrożone gatunki to kluczowe elementy ekosystemów. Ich strata zmniejsza bioróżnorodność, niezbędną do usług ekosystemowych: produkcji pożywienia, filtracji wody, regulacji klimatu.
Zakłócenie łańcuchów pokarmowych: Wiele zagrożonych gatunków odgrywa krytyczne role w sieciach pokarmowych. Ich zniknięcie może wywołać kaskadowe spady innych gatunków, a nawet kolaps ekosystemu – np. utrata zapylaczy jak pszcły zniszczyłaby rozmnażanie roślin i zasoby pożywcze.
Utrata różnorodności genetycznej: Zagrożone gatunki często niosą unikalne cechy genetyczne rozwinięte przez miliony lat. Ich strata ogranicza zdolność ekosystemów do adaptacji do zmian.
Wpływy ekonomiczne: Gatunki jak słonie wspierają turystykę i rekreację. Ich strata może uszkodzić lokale ekonomie zależne od przyrody.
Obawy etyczne: Wiele osób uważa, że dopuszczanie wyginięć wywołanych przez ludzi jest niemoralne, bo każdy gatunek ma wartość wewnętrzną niezależnie od użyteczności dla ludzi.