Pieski prairie czepiają się wielu zagrożeń, co doprowadziło do spadku populacji:
- Strata siedliska: kolonie zmniejszone przez rolnictwo, urbanizację, zmiany użytkowania gruntów.
- Pestycydy: środki gryzołapcze mogą otruć psy prairie.
- Choroby: dżuma siewna, tularemia, jarczem psie rozprzestrzeniają się po koloniach.
- Polowanie: w niektóre regiony dozwolone na sport lub ochronę bydła.
- Drapieżnictwo: kojoty, wilki, lisy, ptaki drapieżne polują na psy prairie.
Kilka gatunków piesków prairie wpisanych jest na listę zagrożonych lub wyginających wg ustawy o gatunkach zagrożonych. Trwają prace ochronne siedlisk i zarządzania zagrożeniami.