Afganistan pomimo surowych warunków jest domem dla zaskakująco zróżnicowanej fauny.
Ssaki
Duże ssaki: Irbis, baran Marcopola, onager azjatycki, leopard perski, niedźwiedź brunatny, lis rudy, wilk, dziki.
Drobne ssaki: Pika afgańska, gazela górska, jeż, świerszcz, wiewiórka, szczur, mysz.
Ptaki
Ptaki drapieżne: Orzeł złoty, lammergejer, sokół wędrowny, jastrząb pospolity, sęp płochacz.
Inne ptaki: Kurak himalajski, kuropatwa czukarska, przepiórka pospolita, dudek, szczygielnik, skorupiak błękitny, bunting czarnogłowy.
Gady i płazy
Gady: Węże (żele, kobry, pythony), jaszczurki (gejkozy, skinky, agamy), żółwie.
Płazy: Żaby w niektóre regionach.
Ryby i owady
Ryby: Pstrągi, karpie, sumy w rzekach i jeziorach.
Owady: Motyle, ćmy, chrząszcze, mrówki.
Zagrożenia dla przyrody
Fauna Afganistanu staje przed utratą siedlisk, polowaniem i braconierstwem, zmianami klimatu i zanieczyszczeniem. Rozmieszczenie i liczebność zależą od regionu i pory roku.