Jeśli zwierzęta hodowlane transgeniczne skrzyżują się z populacjami dzikimi, ich materiał genetyczny mógłby zmienić pulę genów dzikich, potencjalnie obniżając przyспособienie i adaptacyjność. Mogłyby też wprowadzać patogeny lub substancje szkodliwe do zwierząt dzikich przez kontakt. Takie skutki mogłyby mieć poważne negatywne efekty na naturalne ekosystemy.