Owczarki szetlandzkie są generalnie zdrowe, ale skłonne do pewnych chorób dziedzicznych, w tym anomalii oka kollego, postępującejatrofii siatkówki, dysplazji stawów bioderowych i łokciowych, DDW, padaczki i niedoczynności tarczycy.
Inne problemy: alergie, skóry, otyłość, choroby zębów. Regularne wizyty u weterynarza, odpowiedzialne hodowla i profilaktyka to klucz do długiego, zdrowego życia.