Wyspy Scilly to przystań dla zróżnicowanej fauny, zarówno na lądzie, jak i w otaczających wodach.
Ląd
- Ptaki: Ptaki morskie (Ganetki, Papugi morskie) i ptaki lądowe (Rudniki, Strzyżyki).
- Ssaki: Foki szare, Foki pospolite, Jeżowie, Króliki, Nietoperze.
- Gady: Jaszczurki, Żmije zigzakowate.
- Owady: Motyle, Ćmy, Pszczoły, Chrząszcze.
Morze
- Ryby: Dorsz, Mintaj, Makrela, Śledź, Okonie morskie.
- Rekinie i Raji: Rekin płetwal, Rajа kolczasta.
- Wieloryby i delfiny: Wieloryby minkowate, Delfiny afaliny, Marsviny pospolite.
- Bezkręgowce: Humary, Kraby, Miesczaki, Gwiazdnice.