Naturalni wrogowie kojotów
Choć kojoty są drapieżnikami szczytowymi w wielu regionach, mają naturalnych wrogów.
Drapieżniki
Większe drapieżniki: wilki, pumy, niedźwadzie, aligatorzy mogą polować na kojoty. Ryse i duże ptaki drapieżne mogą atakować młode lub osłabione osobniki.
Choroby i konkurencja też wpływają na populacje kojotów, choć drapieżnictwo nie jest częste.