1. Utrata siedliska
Wydrążanie lasów i zmiana użytku gruntów na rolnictwo, drzewnictwo, urbanizację – zmniejsza ogromne terytoria potrzebne jaguarom.
2. Polowanie
Polowane dla futra, kłów, części ciała – czarny rynek: medycyna tradycyjna, luksus.
3. Konflikt z ludźmi
Jaguary polujące na bydło są zabijane w represji lub z strachu.
4. Zmiany klimatu
Zmieniające się klimaty wpływają na siedliska i dostępność ofiar – trudniejsze przetrwanie i rozmnażanie.
5. Niska różnorodność genetyczna
Fragmentacja populacji i inbreeding obniżają różnorodność genetyczną – większa wrażliwość na choroby, mniejsza adaptacyjność.
6. Nielegalny handel
Jaguary i ich części handlowane nielegalnie: zoo, kolekcjonerzy, medycyna ludowa.