Chociaż nie jest to obecnie uważane za zagrożone, ich populacja maleje z powodu kilku zagrożeń, w tym:
* Utrata i fragmentacja siedlisk: Wylesianie i konwersja gruntów dla rolnictwa i rozwoju zmniejszają ich siedlisko.
* polowanie i kłusowanie: Jaguary są polowane na swoje futro, części ciała wykorzystywane w tradycyjnej medycynie, a czasem ze strachu lub zemsty.
* Konflikt ludzkiej Wildlife: W miarę wzrostu populacji ludzkich między jaguarami i ludźmi jest więcej spotkań, co prowadzi do konfliktów, a czasem zabijania jaguarów.
Należy zauważyć, że populacje jaguara są bardzo zmienne w ich zakresie , z niektórymi obszarami o wiele niższych liczb niż inne. Niektóre populacje są krytycznie zagrożone, co czyni wysiłki na rzecz ochrony.