Jaguary stanowią szczyt łańcucha pokarmowego i nie mają naturalnych wrogów. Jednak działalność ludzka drastycznie wpłynęła na ich populacje. Główne zagrożenia to:
- Ludzie: Zniszczenie siedlisk przez wycinkę lasów, rolnictwo i rozwój infrastruktury, a także nielegalne polowanie na futro, zęby i pazury.
- Utrata Siedliska: Fragmentacja zmniejsza dostępność ofiar i sprawia, że jaguary są bardziej wrażliwe na polowanie.
- Nielegalny Handel: Jaguary są polowane i sprzedawane na czarnym rynku ze względu na części ciała.
- Konflikt Człowiek-Przyroda: W miarę kurczenia się siedlisk jaguary spotykają się z ludźmi, co czasem kończy się urazami lub śmiercią obu stron.