Choć kaimany czarne to drapieżniki szczytowe w swoim środowisku, mają kilka drapieżników, choć nie wiele:
- Większe kaimany: Dorosłe kaimany czarne mogą padać ofiarą większych występek własnego gatunku.
- Jaguary: Znane z okazjonalnego polowania na dorosłe kaimany czarne.
- Anakondy: Duże anakondy zielone znane są z zabijania i zjadań dorosłych kaimanów czarnych.
- Ludzie: Ofiary braconierstwa ze względu na skórę i mięso.
Polowanie na dorosłe kaimany czarne jest rzadkie, gdyż są potężne i dobrze przystosowane do obrony.