Jaguary należą do rodziny Felidae (kotowate), co oznacza, że są spokrewnione ze wszystkimi innymi kotami, w tym:
- Duże koty: Lwy, tygrysy, leopardy, irbisy, gepardy, leopardy chmurne i inne jaguary (termin "jaguar" może oznaczać gatunek i cały rodzaj!).
- Małe koty: Domowe koty, ryje, rysie, serwale, karakale, oceloty, margaje i wiele innych.
W obrębie rodziny Felidae jaguary najbliżej spokrewnione są z:
- Leopardami: Wspólny, stosunkowo niedawny przodek, czasem zaliczane do tego samego rodzaju (Panthera).
- Lwami i tygrysami: Choć nie tak blisko jak leopardy, wciąż należą do rodzaju Panthera, mając podobną historię ewolucyjną.
Wszystkie koty są spokrewnione, ale niektóre bliżej, inne dalej. Jaguary są częścią większej rodziny, a ich konkretne powiązania z innymi gatunkami w niej mogą być nieco złożone.