Szkielet osiowy
Czaszka: Mała, wydłużona, szeroki rostrum, wyrazisty grzebień strzałkowy.
Żuchwa: Masywna, z wyraźnym procesem kątowym.
Kręgi: 7 szyjnych, 12 piersiowych, 6 lędźwiowych, 4 krzyżowych, 19–20 ogonowych.
Żebra: 12 par, pierwsze 8 par przyrostowo złączonych z mostkiem.
Mostek: Wydłużony i wąski.
Szkielet kończyn
Kończyny przednie: Krótkie, masywne, 5 palców na łapie.
Kończyny tylne: Dłuższe od przednich, też 5 palców.
Kości kończyn: Ramienna, promień, łokieć, udź, piszczel, fibuła.
Stopy: Szerokie, półwciągalne pazury.
Podsumowując: Budowa szkieletowa fretki czarnonóżek jest przystosowana do małych gabarytów i wyspecjalizowanego trybu życia podziemnego (kopania nor).