Biegunka u koni może prowadzić do silnego odwodnienia i innych powikłań, jeśli nie zostanie wyleczona. Istnieje wiele potencjalnych przyczyn – od prostych zmian w karmieniu po złożone infekcje bakteryjne. Zdrowy rozsądek i dobre zarządzanie stajnią w dużej mierze zapobiegają biegunce.
Karmienie
Zmiana diety to częsta przyczyna biegunki. Każda zmiana ziarna lub siała musi być wprowadzana powoli, by uniknąć problemów jelitowych. Nawet zmiana dostępu do trawy na pastwisku powinna nastąpić stopniowo. Przekarmienie może wywołać biegunkę, tak samo jak karmienie niskiej jakością, pleśniowatym lub zepsutym sianem i ziarnem. W sianie lub ziarnie nietrzymanym w suchości mogą rozwijać się pleśnie i toksyny. Pasze przeznaczone dla bydła lub owiec mogą zawierać antybiotyki i hormony wzrostu, które wywołują biegunkę u koni. Siano zawierające chrząszcze pęcherzykowe (częste w I zbiorze lucerny w północnym Teksasie, Oklahomie i północno-wschodniej Nowym Meksyku) może powodować biegunkę. Konie mogą też mieć lub rozwijać alergie lub wrażliwość na składniki paszy. Karmienie piaskiem (np. zanieczyszczonego siała) prowadzi do gromadzenia piasku w jelitach, drażnienia śluzówki i biegunki.
Leki
Antybiotyki mogą wywołać biegunkę, niszcząc dobre bakterie jelitowe. Pytaj weterynarza o skutki uboczne przy każdym leku. Odrobaczanie koni z ciężką inwazją pasożytów może wywołać biegunkę jako reakcję na masowe obumarwanie pasożytów. Częsty lek przeciwbólowy dla koni – fenylobutazon (bute) – może powodować wrzody jelita grubeego, co prowadzi do biegunki i innych powikłań.
Stres
Stres wywołany ekscytacją lub strachem uwalnia hormony zwiększające przepływ krwi do jelit. Nasilenie biegunki wprost zależy od poziomu stresu. Zbyt intensywny wysiłek lub ciężka praca w upał może wywołać biegunkę, podnosząc temperaturę ciała do punktu, w którym giną organizmy jelitowe. Biegunka stresowa ustępuje ze spadkiem poziomu stresu.
Zredukowana flora jelitowa
Bardzo młode lub stare konie mogą mieć biegunkę z powodu niskiego poziomu organizmów jelitowych. Niewystarczająca flora wzmacnia wrażliwość na zmiany paszy. Sam biegunka może obniżać poziom organizmów jelitowych, czyniąc konia bardziej wrażliwym na problemy karmieniowe i potencjalnie prowadząc do przewlekłej biegunki.
Pasożyty i bakterie
Ciężka inwazja pasożytnicza może powodować biegunkę. Częste bakterie wywołujące biegunkę to: Salmonella, Clostridia i Ehrlichia Risticii (gorączka Potomacka). Infekcje wywołane przez te bakterie są potencjalnie śmiertelne.