Koniki morskie należą do rodziny Syngnathidae, do której należą też igłoryby i smoki morskie. Te gatunki dzielą wspólnego przodka z kolczugami – małymi, kolczatymi rybami występującymi w środowisku morskim i słodkowodnym.
Uważa się, że kolczugi ewoluowały około 30 milionów lat temu, a ich potomkowie ostatecznie wywodzili koniki morskie, igłoryby i smoki morskie znane dzisiaj.