Konie morskie mają wielu drapieżników: tuny, rybki mieczowe, rekiny, delfiny, rafy, foki, ptaki, kraby, krewetki, homary, ośmiornice, okonie morskie, grupiery, barakudy, ryby dmuchawce, ryby spustowe, węgorze, płocie, meduzy. Drapieżnicy celują w nie z powodu małych rozmiarów i ograniczonej zdolności do ukrywania się czy obrony. Nielegalny handel akwarystyczny zagraża populacjom. Rozwoj wybrzeży niszczy płytkie siedliska i zakłóca łańcuchy pokarmowe. Działania ochronne są coraz bardziej krytyczne dla przetrwania koni morskich.