Według Międzynarodowej Związku Ochrony Przyrody (IUCN) niektóre gatunki koni morskich są uważane za zagrożone, a spadki populacji zaobserwowano w wielu regionach. Na przykład czerwona lista IUCN klasyfikuje następujące gatunki jako wrażliwe:
1. Hipokamp przychodzi (wyłożony koń morski):występujący na zachodnim Pacyfiku gatunek ten jest zagrożony zniszczeniem siedlisk i przełowienia.
2. Hipokampus trimaculatus (trzy miejsce morskie koń):Pochodzący z Indo-Pacyfiku, ten koń morski jest podatny na utratę siedlisk i zbieranie tradycyjnej medycyny.
3. hipokamp hipokamp (kolczasty morski koń):rozmieszczony na Morzu Śródziemnym i wschodnim Atlantyku, gatunek ten stoi przed zagrożeniami z powodu rozwoju przybrzeżnego i presji połowowej.
4. Hipocampus erectus (Giraffi Sea Horse):Mieszkając w tropikalnych wodach indo-pacyfiku, konia morska żyrafy jest podatna na degradację siedlisk i przełowienie.
Szacunki te podkreślają potrzebę wysiłków ochronnych i praktyk zrównoważonego zarządzania w celu ochrony populacji koni morskich i zapewnienia ich przetrwania w obliczu różnych zagrożeń, z którymi stoją.