Konie morskie są wrażliwe na różne czynniki środowiskowe nieżywe:
Temperatura: Jako ektotermy konie morskie zależą od otoczenia w regulacji temperatury ciała, najaktywniejsze w cieplejszych wodach.
Salinowość: Preferują bliską morską salinowość; gwałtowne zmiany stresują lub zabijają.
pH: Najlepiej czują się przy pH bliskim neutralnym, wrażliwe na gwałtowne zmiany.
Poziom tlenu: Wymagają dobrze utlenionej wody; długotrwałe niedotlenienie szkodzi.
Światło: Zazwyczaj bardziej aktywne w dzień, preferują jasne siedliska.
Podłoże: Kotwiczą ogonami – lubią gęste podparcia: gruz koralowy, łąki morskie, makroglony.
Zanieczyszczenia: Ropa, ścieki, plastik szkodzą koniom morskim i degradują siedliska.