Doświadczeni akwaryści czasem chcą czegoś więcej niż standardowe akwaria słodkowodne tropikalne, morskie tropikalne lub rafowe. Istnieją opcje dla myślących poza schematami. Przed eksperymentami z ekosystemami warto mieć duże doświadczenie i dokładnie przebadać temat.
Akwaria biotopowe
Akwarium biotopowe skupia się na bardzo konkretnym ekosystemie – akwarysta naśladuje warunki wody, krajobraz, faunę i florę danego środowiska jak najwierniej. Np. biotop rzeki Amazonki, rafy koralowej Florydy, jeziora Malawi w Afryce lub potoku w Tajlandii (propozycje Rhett A. Butlera z MongaBay.com).
Akwaria brakowe (brackish)
Woda morska ma gęstość właściwą ok. 1,024 (ppm). Jednak w ujściach rzek do morza słoność jest niższa. Według Bad Man's Tropical Fish można założyć akwarium brakowe odwzorowujące bagna manglowe z czerwonymi manglowcami rosnącymi nad wodą. Inne możliwości: estuaria z silnym prądem lub stawy słone ze stagnującą wodą.
Łąki morskie (Seagrass Meadow)
Łąki morskie w naturze pomieszczają wiele form życia, najbardziej znane: morskie konie i igłorogi. Trawy morskie rosną w różnych klimatach w akwarium. Anthony Calfo (Reefland.com) poleca atlantycką trawę Thalassia testudinum oraz trawę lamantinową z Karaibów do akwarium cieplowodnych. Jastrzębiec (eelgrass) rośnie w akwariach chłodnowodnych.