Dobór odpowiedniego systemu filtracji akwarium jest tak samo ważny, jak wybór wielkości zbiornika i odpowiedniego składu stada. Dobry filtr pomoże stworzyć funkcjonalne środowisko, w którym zwierzęta rozwiną się. Słaby filtr może powodować choroby ryb, wymuszać częstsze czyszczenie i osłabiać ekosystem akwarium. Istnieje kilka powszechnie dostępnych typów filtrów, każdy z zaletami i wadami.
Filtry kątowe (Corner Box Filters)
Mieszczą się w jednym rogu akwarium, bezpośrednio na żwirze. Używają pompy powietrznej, która dmucha powietrze na dno pudełka, przez filtr, na górę. Powietrze ciągnie za sobą wodę, umożliwiając cyrkulację. Filtry kątowe wykonują wszystkie trzy główne typy filtracji: mechaniczną,chemiczną i biologiczną, ale niski przepływ ogranicza wydajność. Wymagają regularnego czyszczenia.
Filtry gąbek (Sponge Filters)
Używają rury w kształcie U do ciągnięcia wody przez gąbkę. Gąbka ma dużą powierzchnię, co sprzyja filtracji mechanicznej i daje siedlisko bakteriom do filtracji biologicznej. Filtry gąbek są tanie i proste w obsłudze – wystarczy płukać gąbkę w wodzie z akwarium raz w tygodniu. Typ ten ma ograniczoną wydajność i najlepiej sprawdza się w małych akwariach i zbiornikach rozrodowych, gdzie nie złapie ani nie zrani mlodzieży (fry).
Filtry podżwirowne (Under-gravel Filters)
Używają płytki z szczelinami i rur wyporowych do filtracji wody. Kamień powietrzny (airstone) lub głowica pompowa (powerhead) ciągnie wodę przez podłoże żwirowe do rur. Podłoże daje filtrację mechaniczną i dom dla bakterii korzystnych. Niektóre modele mają węgiel aktywny do filtracji chemicznej. Filtr podżwirowny wymaga minimalnej konserwacji: regularne czyszczenie żwiru. Nie dają wysokiej wydajności filtracji, co limituje liczbę ryb na zbiornik.
Filtry kaskadowe (Power Filters / HOB)
Znane też jako HOB (hang-on-back) – filtry wiszące na tyle akwarium. Oferują wszystkie trzy typy filtracji i łatwą konserwację. To samowystarczalne jednostki z pompą i wkładką filtrującą. Woda w filtrze kaskadowym przechodzi najpierw przez piankę (która też zamieszkuje bakterie do filtracji biologicznej), potem przez wkładkę z węglem aktywnym. Filtry kaskadowe łatwo się zatykają i wymagają regularnego płukania. Nie nadają się do akwariów z roślinami (planted), ale są umiarkowanie tanie.
Filtry kanisterowe (Canister Filters)
Zewnętrzne filtry zazwyczaj stawiane pod akwarium. Dostępne jako gotowe jednostki lub modułowe. Dają wysokiej jakości filtrację i potrafią wykonywać wszystkie trzy typy. Filtracja biologiczna nieco ograniczona przez poziom tlenu w filtrze. Są umiarkowanie drogie i wymagają regularnej konserwacji.
Filtry mokre/suche (Wet/Dry Filters)
Umieszczane pod akwarium, składają się z dwóch pudełek: jedno w wodzie, drugie na zewnątrz. Łączone rurą U-syfoniczną przepuszczającą wodę między nimi. Używają gąbki do filtracji mechanicznej i specjalnych nośników do chemicznej i biologicznej. Dają najwyższą jakość filtracji, ale są znacznie droższe.