Zanieczyszczenie: Zanieczyszczenia, w tym wycieki ropy, zrzuty ścieków, wody deszczowe i spływy rolnicze, mogą przytłumić rafy koralowe, blokując dostęp światła słonecznego i uniemożliwiając wzrost koralowców. Substancje chemiczne mogą zatruwać organizmy morskie i mieć negatywny wpływ na wzrost koralowców i sukces reprodukcyjny ryb. Spływy z nawozów i pestycydów stosowanych w rolnictwie mogą prowadzić do zakwitów glonów, które tłumią rafy koralowe i zakłócają równowagę ekosystemu łańcucha pokarmowego.
Zmiany klimatyczne: Rosnące temperatury oceanów spowodowane globalnym ociepleniem mogą wybielić i zabić koralowce, a ekstremalne zjawiska pogodowe, takie jak huragany i tajfuny, mogą zniszczyć rafy koralowe. Zakwaszenie, czyli obniżenie poziomu pH w oceanie na skutek absorpcji dwutlenku węgla, stanowi także zagrożenie dla raf koralowych. Zakwaszenie oceanów utrudnia koralowcom budowanie i utrzymanie szkieletów, co może prowadzić do zapadania się raf koralowych.
Przełowienie może zakłócić łańcuch pokarmowy i zmniejszyć liczbę drapieżników kontrolujących populację roślinożerców. Może to prowadzić do wzrostu liczby roślinożerców, co może uszkodzić rafę poprzez wypas koralowców. Przełowienie może również prowadzić do bezpośredniego połowu żabnic jako źródła pożywienia.
Przyłów: Żabnice mogą zostać przypadkowo złowione w sieci rybackie i trawlery, co może prowadzić do ich śmierci.
Turystyka: Niekontrolowana turystyka może prowadzić do deptania raf koralowych i niszczenia siedlisk żab. Nurkowie i osoby nurkujące z rurką mogą również zarzucać kotwice na rafach koralowych, co może je uszkodzić.