Zniszczenie siedliska i zanieczyszczenie
Rybki-żaby zależą od raf koralowych, będących jednymi z najbardziej zagrożonych ekosystemów na Ziemi. Zanieczyszczenie z wycieków ropy, ścieków, wód opadowych i odpływów rolniczych może zasypiać rafy, blokować światło i wprowadzać toksyczne chemikalia szkodzące życiu morskim i zakłócającym rozmnażanie.
Zmiany klimatu
Wzrost temperatury oceanów powoduje wybielanie i śmierć koralowców, a skrajne zjawiska pogodowe mogą fizycznie niszczyć struktury raf. Zakwaszenie oceanów dodatkowo osłabia koralowce, utrudniając im budowę i utrzymanie szkieletów.
Przerobowe rybołówstwo i przyboczne złowy
Przerobowe rybołówstwo zakłóca łańcuchy pokarmowe i może prowadzić do uszkodzeń raf przez wzrost pasienia roślinożerców. Rybki-żaby mogą być też łowione bezpośrednio na pokarm lub nieumyślnie jako przyboczne złowy w siecach i trawlach.
Wpływ turystyki
Nieregulowana turystyka może niszczyć rafy przez dłubanie, zrzucanie kotwic przez nurków i płetwonurków oraz ogólną degradację siedliska.