Oficjalną przyczyną śmierci była zapalenie płuc , który prawdopodobnie spowodował połączenie czynników:
* Uszkodzony układ odpornościowy: Keiko miał historię problemów zdrowotnych, w tym pasożytów i infekcji bakteryjnych, prawdopodobnie ze względu na swoje lata w niewoli i stres związany z życiem w kontrolowanym środowisku.
* Ekspozycja na zimną wodę: Podczas gdy w późniejszych latach mieszkał w naturalnej zatoce na Islandii, Keiko wciąż doświadczył temperatur zimnej wody, co mogło osłabić jego układ odpornościowy.
* Warunki podstawowe: Podczas gdy zapalenie płuc było bezpośrednią przyczyną śmierci, podstawowe problemy zdrowotne mogły przyczynić się do jego osłabionego stanu i wrażliwości.
Należy zauważyć, że śmierć Keiko wywołała debatę na temat etyki utrzymywania orków w niewoli. Podczas gdy jego historia uświadamiała trudnej sytuacji w niewoli, decyzja o przywróceniu go na dziczy była złożona i ostatecznie nieudana.