Określenie koloru koi zależy od kilku czynników: kombinacji pigmentów w skórze, ich rozkładu (wzoru) oraz przejrzystości lub nieprzeźroczystości skóry.
1. Pigmentacja: Koi mają głównie trzy typy pigmentów: melanofory (czarne/ciemnobrązowe), ksantofory (żółte, pomarańczowe, czerwone), guanofory (odbierają światło, dając efekt srebrzysty, metaliczny, perłowy).
2. Wzór (pattern): Rozmieszczenie i układ pigmentów determinuje ogólny wzór koi. Popularne wzory: Kohaku (białe ciało z czerwonymi znakami), Showa (czarne ciało z czerwonymi i białymi znakami), Sanke (czarne ciało z czerwonymi i białymi, ale biele więcej niż w Showa).
3. Przejrzystość i nieprzeźroczystość: Przejrzystość lub nieprzeźroczystość skóry wpływa na to, jak światło oddziała na pigmenty. Niektóre koi mają półprzezroczystą skórę, inne – nieprzeźroczystą.
4. Genetyka: Genotyp koi ma kluczowe znaczenie dla jego kolorystyki.
5. Czynniki środowiskowe: Choć genetyka jest głównym czynnikiem, jakość wody, temperatura i dieta mogą wpływać na nasycenie i żywość kolorów.
Kolory koi wahają się od jednolitych barw po skomplikowane, żywe wzory łączące wiele kolorów.