Morskie konie występują w szerokiej gamie kolorów i wzorów, różniących się między gatunkami, a nawet w obrębie tego samego gatunku. Częste kolory to:
- Żółty: od blednego do intensywnego złotego żółtego
- Pomarańczowy: od jasnego brzoskwiniowego do głębokiego czerwono-pomarańczowego
- Czerwony: od jasnoczerwonego do głębokiego, nasyconego czerwonego
- Brązowy: od jasnego brązu, karmelowego po czekoladowy
- Zielony: subtelne odcienie zielonego lub oliwkowe
- Niebieski: rzadki, ale niektóre gatunki pokazują niebieskie lub zielonkawo-niebieskie odcienie
- Czarny: ciemnobrązowy lub czarnowaty
Wiele morskich koni ma też kropkowate lub pasiaste wzory. Niektóre gatunki potrafią szybko zmieniać kolorystykę do maskowania lub komunikacji. Konkretne kolory zależą od lokalizacji, siedliska i wariacji indywidualnej.