Główni wrogowie samojedów to:
- Wilki i inni drapieżnicy: Samojedy to psy typu spitz z Arktyki. Grube futro czyni je bardziej podatnymi na ataki wilków.
- Niedźwiedzie: Znacznie większe, łatwo zadają śmiertelne urazy.
- Inne psy: Samojedy zazwyczaj przyjacielskie, ale bywają agresywne do innych psów – zwłaszcza samców lub gdy czują zagrożenie.
- Upał: Samojedy przystosowane do zimna – w upale łatwo przegrzewają się, co grozi uderzeniem termicznym.