1. Utrata siedlisk: Jaszczurka tongańska zamieszkuje głównie rodzime ekosystemy leśne w Eua i Tongatapu. Niestety te siedliska leśne zostały w dużej mierze wykarczowane pod uprawy, pozyskiwanie drewna i osady ludzkie. Utrata odpowiednich siedlisk znacznie zmniejszyła zasięg jaszczurki i wielkość populacji.
2. Prapieżnictwo gatunków inwazyjnych: Gatunki inwazyjne, takie jak zdziczałe koty, szczury i mangusty, zostały wprowadzone na wyspy Tonga i stanowią poważne zagrożenie dla jaszczurki tongańskiej. Te inwazyjne drapieżniki charakteryzują się wysokim współczynnikiem reprodukcji i są bardzo skuteczne w polowaniu na jaszczurki i zjadaniu ich, co prowadzi do spadku populacji.
3. Zmiana klimatu: Tonga, podobnie jak inne wyspy Pacyfiku, jest bardzo narażona na zmiany klimatyczne i wzrost poziomu morza. Zmiany temperatury i opadów wpływają na siedliska jaszczurki i zasoby pożywienia. Podnoszący się poziom mórz może również zalać nisko położone siedliska przybrzeżne, jeszcze bardziej ograniczając dostępny zasięg jaszczurki.
4. Ograniczony zasięg: Geograficznie jaszczurka tongańska występuje wyłącznie na dwóch małych wyspach Tonga, co czyni ją podatną na problemy genetyczne, takie jak chów wsobny i brak różnorodności genetycznej. Wąskie rozmieszczenie zwiększa również podatność na lokalne zagrożenia, takie jak utrata siedlisk lub pojedyncze katastrofalne wydarzenie, które może zniszczyć dużą część populacji.
5. Polowanie i eksploatacja: Miejscowi polują na jaszczurkę tongańską w celach spożywczych i tradycyjnej medycyny, co przyczynia się do spadku populacji. W niektórych przypadkach jaszczurkę łapano również w celu handlu zwierzętami domowymi, co jeszcze bardziej uszczupliło jej liczebność.
Połączenie utraty siedlisk, gatunków inwazyjnych, zmiany klimatu, ograniczonego zasięgu i polowań doprowadziło do poważnego spadku populacji jaszczurki tongańskiej. Działania na rzecz ochrony przyrody, takie jak przywracanie siedlisk, kontrola drapieżników, zwiększanie świadomości społecznej i programy hodowli w niewoli, mają kluczowe znaczenie dla ochrony pozostałych populacji tego krytycznie zagrożonego gatunku.