Szynszele stoją przed kilkoma zagrożeniami:
- Drapieżniki: Pumy, lisy, laski polują na nie w Andach.
- Polowanie: Były polowane dla luksusowego futra i niemal wygubione; nielegalne polowanie nadal ma miejsce.
- Strata siedlisk: Działalność człowieka zniszczyła lub zdegradowała większość ich skałkowatego środowiska górskiego.
- Zmiany klimatyczne: Wzrost temperatur i zmiana opadów zakłócają ekosystem i utrudnią przetrwanie.
W rezultacie szynszele są uważane za gatunek zagrożony.