Kozica apenninska stoi przed zagrożeniami:
- Utrata i fragmentacja siedlisk przez rolnictwo, leśnictwo, turystykę.
- Polowanie i braconierstwo mimo ochrony prawnej.
- Konkurencja z zwierzętami hodowlanymi o pożywienie i zasoby.
- Choroby np. robaki płucne, bruceloza.
- Zmiany klimatu zmieniające roślinność i pokrywę śnieżną.