Jaguary stoją przed wieloma zagrożeniami napędzanymi działalnością ludzką:
Nielegalny handel zwierzętami: Jaguary braconierzy zabijają dla futer, kłów i pazurów, poszukiwanych na czarnym rynku, co obniża populacje.
Utrata i fragmentacja siedliska: Rolnictwo, wycinka, górnictwo i osady ludzkie niszczą i dzieli ogromne, nienaruszone siedliska potrzebne jaguarom, zmniejszając ofiary i zwiększając konflikty.
Konflikt człowiek-dziką przyrodą: Rozrost działalności ludzkiej sprawia, że jaguary winne są za rany na bydle, co prowadzi do zemsty farmerów i farmerów.
Niezrównoważone łowiectwo: Łowiectwo subsystencjonalne i sportowe może szkodzić lokalnym populacjom, gdy regulaminy nie są zarządzane lub egzekwowane.
Niewystarczące egzekwowanie prawa: Mimo praw międzynarodowych, brak zasobów i korupcja hamują walkę z braconierstwem i nielegalnością.
Ochrona jaguarów wymaga współpracy rządów, organizacji ochronnych, społeczności lokalnych i ludności rdzennych: ochrona siedlisk, regulowane łowiectwo, wsparcie antybraconierskie, edukacja publiczna.