Trudno rozróżnić płeć po samej obserwacji. Obie płcie mają podobny ksztalt ciała, typ sierści i kolorystykę.
Ogólne wskazówki: Samce są zazwyczaj większe i mają większą odległość między odbytnicą a narządami płciowymi. Samice mają mały, okrągły, wystający wulwę tuż przed odbytnicą. Samce mają penisa, który może być ukryty pod sierścią.
Najlepszym sposobem na ustalenie płci jest badanie przez weterynarza lub doświadczonego hodowcę. Młode świnki morskie do 3 tygodni życia są bardzo trudne do pseksowania.
Nawet z tymi wskazówkami, dla pewności należy szukać pomocy profesjonalisty.